Se inició en la Resp.·. L.·.Bernardo O’Higgins N°16, donde ejerció el cargo de Venerable Maestro en dos oportunidades.
Asumió como Serenísimo Gran Maestro y Soberano Gran Comendador a principios de 1970.
Bajo su mallete la Gran Logia Mixta de Chile vivió los azarosos días posteriores al Golpe Militar del 11 de septiembre de 1973.
Junto al ex S.·. G.·. M.·. Luis Brücher, le correspondió realizar las gestiones para que la Orden recibiese la autorización para volver a funcionar normalmente, dada la prohibición imperante de reuniones de toda institución.
El 29 de noviembre obtuvieron el permiso de las autoridades para reiniciar los Trabajos y reabrir los Templos, en un ambiente cargado de tensiones y suspicacias, que no favorecían la paz espiritual que se requiere.
Prohibidas también las elecciones en todo el territorio nacional, Santiago Pérez vio prolongado forzosamente su período y debió mantenerse en el cargo enfrentando las múltiples -y muchas de ellas dolorosas- situaciones que se vivieron el interior de la Orden como consecuencia del drástico cambio político.
Durante su mandato se dio definitivo énfasis a la separación de los poderes simbólicos y capitulares, el 24 de septiembre de 1977.
Un trágico accidente automovilístico truncó su vida, pasando a decorar el Oriente Eterno en 1979.